فلج مغزی کودکان تشخیص کلینیکی است که بر پایه ی معاینه دقیق سیستم عصبی داده می شود. مانند سایر بیماری ها، شرح حال دقیق در مورد سوابق مادر، مشکلات قبل و حین بارداری و زایمان و سوابق رشدی مهم است. معاینه دقیق سیستم عصبی و معاینه در وضعیت های مختلف خوابیدن به پشت و شکم، ایستادن، راه رفتن و دویدن مهم است. تشخیص فلج مغزی در زیر شش ماهگی مگر در موارد شدید امکان پذیر نیست. اولین نشانه های آن تاخیر در رشد و تکامل (تاخیر در کنترل سر و گردن  و نیز عدم توانایی جهت نشستن) و اختلال تون عضلانی است.

عارضه فلج مغزی پیشرونده نیست و رشد و تکامل به دست آمده از دست نخواهد رفت. اما در ظاهر کودک، در صورتی که درمان و توانبخشی و به خصوص کاردرمانی درست، به موقع و مناسب انجام نشود می تواند سبب پسرفت در حرکات و ظاهر رشدی کودک شود. در کودک فلج مغزی، تون عضلانی می تواند کاهش یافته یا افزایش یافته باشد اما معمولاً کودکانی که ابتدا کاهش تون عضلانی دارند در دو تا سه سالگی به سمت اسپاستیک می روند. اولین نشانه ها ی فلج مغزی، عدم توانایی کودک در گرفتن اسباب بازی ها، دیر سر و گردن گرفتن و نیز مشت کردن بیش از حد انگشتان دست و مچاله کردن یا خم بودن انگشتان پا است. اگر چه فلج مغزی در بسیاری از موارد تا سن یک سالگی تشخیص داده نمی شود.