از جمله اين مراكز مخچه، سيستم خارج هرمي و منطقه s قشر مغز است. به دنبال سكته مغزى و آسيب به مركز هسته‌ها و سيستم‌هاي اره هرمي، و خارج هرمي، طراحي ، برنامه‌ريزي و اجراي حركات با اختلال مواجه مي‌شود. به طوريكه بلافاصله پس از سکته مغزی تون عضلات كاهش يافته، و در طي روزها تا هفته‌ها افزايش يافته و بيش فعال مي‌شوند. اين بهبودي ممكن است در مرحله‌اي متوقف شود و عضلات خلاف جاذبه دچار افزايش تون اسپاستي‌سيتي يا هايپرتونوسيتي گردند. علت اسپاستي‌سيتي در سکته مغزی به دليل رفلكسهاي كششي تونيك بيش‌فعال به همراه هايپرتونوس وابسته مي‌باشد. همچنين كلونوس و علامت بابنسكي نيز در اين بيماران مشاهده مي‌شود، در طي بروز سكته مغزى و مارحل بهبودي آن تغييراتي در ظهور رفلكسها بوجود مي‌آيد. به طوريكه مكانيزم خودبخودي تون وضعيتي دچار آسيب شده و براي جبران اين فقدان فرد تنها بر روي طرف سالم انتقال وزن مي‌نمايد. عكس‌العمل‌هاي تعادلي، حفاظتي و راست‌گراي طبيعي در طرف همي‌پلژي از بين مي‌رود اين شرايط موجب مي‌شود تا بيمار در تطابقات وضعيتي طبيعي و كسب مجدد تعادل كه لازمه حركات  و فعاليت است ناتوان شود. از طرفي با آزاد شدن مهار سيستم‌هاي قشر مغز، سيستم‌هاي پايين‌تر، كنترل حركتي را با رفلكس هاي اوليه تونيك گردني و وستيبولار به عهده مي‌گيرند و حركات سر و تنه موجب تغيير تون مي‌شود، هماهنگي و نرمي حركات از بين مي‌رود كه اين امر از طرفي به دليل درگيري مخچه و هسته اصلي قاعده‌اي، صدمات حس عمقي و يا ضعف عضلات،‌از طرفي به دليل ظهور الگوهاي كليشه‌اي (سينرژي) مي‌باشد. به دليل تخريب يا اختلال در كاركرد قشر مغز اين الگوها به صورت حركات خم يا راست‌كننده ظاهر مي‌شوند.تمام عضلات سينرژي ها از نظر نوروفيزيولوژيكي كاملاً به هم مربوط هستند و يك حركت در اين الگو منجر به فعال شدن كل سينرژي حركتي مربوطه مي‌گردد.

همچنين در سکته مغزی برنامه‌ريزي حركات مختل مي‌شود. به طوريكه نيمكره چپ مسئول شروع و توالي و نيمكره راست مسئول ثبات حركات و سرعت و اجرا است. پس به دنبال آسيب به نيمكره چپ زمان طولاني‌تري براي يادگيري نياز است.اگرچه گزارش شده است كه صدمات نيمكره چپ منجر به اختلال در برنامه‌ريزي و اجراي حركات در هر دو اندام بالايي مي‌شود.